Grundvandet kan trues af forskellige typer af forurening afhængig af boringernes beliggenhed i forhold til forureningskilder og den geologiske betingede beskyttelse af grundvandet.
Generelt har der været fokus på nitrat og pesticider som en trussel mod grundvandets egnethed til produktion af drikkevand. Enkelte steder i den vestlige del af kommunen er der naturligt forekommende stoffer som Strontium og Fosfor som i enkelte tilfælde kan være problematiske.
I landzoneområderne kan nedsivning af husspildevand samt landbrugets og gartneriernes brug og håndtering af pesticider udgøre en trussel mod grundvandet. I byområder er grundvandet især truet af forurening med miljøfremmede stoffer fra forurenede grunde, nedbrydningsprodukter fra pesticider og udsivning fra utætte kloakker.
Nitrat
Målinger af nitratindholdet i boringer i Jammerbugt Kommune viser, at nitrathindholdet generelt er lavt, og sjældent ovestiger kvalitetskriteriet for nitrat i i drikkevand.
Uanset de lave nitrat-indhold i grundvandet sker der dog en konstant nitratudvaskning, særligt fra arealer, der gødes. Når nitrat nedbryder, frigives der sulfat. Der er konstateret boringer i Jammerbugt Kommune, med et stigende sulfat-indhold.
Pesticider
Der er konstateret pesticider i nogle få boringer i kommunen. Tidligere var det primært nedbrydningsproduktet BAM fra aktivstoffet i midlet Prefix. I de seneste år er der dog andre nedbrydningsprodukter, der er fundet i grundvandet. Det drejer sig om Desphenylchloridazon (DPS) og Dimethylsulamid (DMS), 1,2,4Triazol og Alachlor ESA.
De almene vandværker i Jammerbugt kommune holder øje med udviklingen i vandkvaliteten gennem den lovbestemte boringskontrol. De fleste af boringerne er dybe og indvinder fra dybtliggende grundvandsmagasiner, som er beskyttet et et lerdække. Jammerbugt Kommune gør med jævne mellemrum status over udviklingen.