Størstedelen af Jammerbugt Kommune ligger inden for det regionale vandskel, hvor vandløbene strømmer mod Limfjorden (hovedopland 1.2 Limfjorden). Den øvrige del af kommunen som følger kysten udleder til Kattegat (hovedopland 1.1 Nordlige Kattegat, Skagerak). Jammerbugt er dermed omfattet af statens vandområdeplan.
Inden for kommunen er der en række større kanalsystemer og et stort vandløb, Ryå.
I Jammerbugt Kommune findes der generelt gode magasinforhold, som er godt ydende grundvandsmagasiner. I de lavliggende kystnære områder er der dog risiko for saltvandsproblemer.
Enkelte magasiner i kommunen er sårbare overfor påvirkninger fra terræn. Nitatindholdet er stigende. De øvrige magasiner er bedre beskyttet mod påvirkning fra overfladen og det hænger formodentlig sammen med geologien, idet der stedvist ses tykke lerlag over grundvandsmagasinerne.
Der er ikke ved den nuværende indvinding problemer med saltvandspåvirkning, men klorid sætter en begrænsning for, hvor dybt der kan indvindes drikkevand, særligt i de kystnære områder.